健康な人には病原性を示さないか、あるいは病原性が非常に低い微生物が、体力や免疫力の低下した人に感染し、発症すること。人の常在菌が感染症を起こす場合も多い。低出生体重児、体力とともに免疫力が低下している高齢者、臓器移植等で免疫抑制剤投与中の患者、エイズ患者（HIV感染者）、治療中のがん患者やその末期など、易感染性の人（免疫不全宿主 immunocompromised host）に起こりやすい。病原体としては、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）、緑膿菌、結核菌、カンジダ、トキソプラズマ、ヘルペスなど。院内感染に注意する必要がある。